Eldøya naturreservat dekker nordvestre del av Eldøya, og ligger i Eldøya-Sletter landskapsvernområde. Reservatet består av engarealer med noe busker, gruntvannsområder, to småholmer samt en brem av skog i bakkant. Formålet med naturreservatet er å bevare en tilnærmet urørt del av Eldøya, samt tilgrensende sjøområder, med det naturlig tilknyttede plante- og dyreliv.

Området er egenartet ved å ha særlig verdi som hekkeområde for sjøfugl. I tiden fra og med 15. april til og med 15. juli er det forbud mot all ferdsel på land og på sjø i reservatet.